고체상 펩타이드 합성

• C-말단 아미노산을 비활성 고체 지지체에 연결하고, 연속으로 아미노산을 펩타이드결합을 통해 결합시키는 펩타이드 합성법. 합성이 완료되면 폴리펩타이드를 지지체로부터 제거한다.

액체상 펩타이드 합성

• 용해될 수 있는 중합체 운반체를 사용하는 펩티드 합성 방법. 기본 원칙은 고체상 펩티드 합성(Merrifield 합성)에 대한 것과 같다. 그러나 용해될 수 있는 중합체는 불균일 체계에서 반응이 일어나는 것을 피하기 위해 사용된다. 사용된 중합체는 용해될 수 있는 폴리스티렌, 폴리옥시에틸렌(POE) 또는 폴리에틸렌이민이다. 액체상 펩티드 합성은 성장 폴리펩티드 사슬에 대한 C 말단 보호기로서 POE의 사용과, 저분자량 시작 물질과 시약의 분리에 의해 상당히 향상된다.
  
  더 향상된 것은 결정화 방법이고 적합한 유기 용매(예를 들면 디에틸에스테르)는 빠르게 펩티딜-POE를 침전시키고 개재물(inclusion)을 피하는 나선형 구조의 형태로 정량 분석에 사용된다. 이것은 균질 반응 상태에도 불구하고 액체상 펩티드 합성으로 최적 비율을 달성하고 과잉의 아실화 시약 사용과 이차 결합을 하는 데 꼭 필요하다. 결정적인 단점은 사슬 길이를 증가시켜 펩티딜-POE의 용해도를 감소시키고 결과적으로 점성 용액을 조절하는 것이다. 지금까지 액체상 펩티드 합성은 Merrifield 합성만큼 그리 넓게 사용되지 않았다.